In het begin van de Tachtigjarige Oorlog die samenviel met de Gouden Eeuw, steunde Jan IV de Rovere van Montfoort ‘de Grote Geus’ Hendrik van Brederode. Het huwelijk van Jan met zijn nicht Maria van Manderscheid bleef kinderloos, waardoor zijn titel en bezittingen na zijn dood in 1582 overgingen op zijn zus Philippa en haar man Jan van Merode uit Gulik.

Jan van Merode, die een jaar later werd benoemd tot burggraaf van Montfoort, trok zich niets aan van de Staten van Utrecht die verbood het katholieke geloof te beleiden. Als de Van Merodes naar Montfoort kwamen, verbleven ze niet in de burcht, maar logeerden ze bij de drost in de voorburcht. Door de Reformatie verloor de overwegend katholieke bevolking van Montfoort wel de Sint-Jan aan de protestantse predikers.

De dochter van Jan en Philippa, Anna, trouwde 1591 met Filips I van Merode, baron van Petershem, ondermeer heer van IJsselmonde en Ridderkerk. Twee jaar later volgde Filips zijn schoonvader op als burggraaf van Montfoort. Onder zijn bestuur werd de gracht tussen Linschoten en de IJsselpoort van Montfoort gegraven. Zijn zoon Filips II volgde hem op in 1628. De burggraven van Montfoort bleven al die tijd de katholieke kerk trouw.

Filips II trouwde met Bonne Brabançon en stierf kinderloos in 1638. Zijn broer baron Floris van Merode, markies van Westerlo, volgde hem op als burggraaf en trouwde met Anna van Bronkhorst. Hun zoon graaf Ferdinant Filips, getrouwd met Magdalena van Gent, raakte vervolgens aan lager wal en werd in 1648 gedwongen zijn bezittingen te verkopen. Daarmee was het over met de macht van de Merodes. De heerlijkheid Montfoort kwam nu in handen van de Staten van Utrecht voor 225 duizend gulden.

De landelijke perikelen die volgden, hadden geen kwalijke gevolgen voor Montfoort.

In 1670 werd de Sint-Jan mooier gemaakt. Sculpteur Jan Oudhuizen maakte de nieuwe kansel die door vier arenden wordt gedragen.

Rampjaar

In het Rampjaar 1672 verklaarde Frankrijk op donderdag 7 april de Republiek de oorlog. De Utrechtse vroedschap koos eieren voor zijn geld en bood het Franse leger onderdak aan. Op dinsdag 21 juni wapperde daardoor de Franse vlag op de burchttrans van Montfoort.

De Waterlinie voorkwam dat de troepen naar Noord-Holland op konden trekken. Daarom verlieten ze hun voorposten in Woerden en Montfoort. In de laatste helft van september werd er opnieuw een Frans garnizoen gestationeerd van zeventig man. Toen dat een maand later het kasteel verliet, bliezen de soldaten alles op en lieten de puinhopen achter.

Daarmee was de stad nog niet van zijn ellende verlost, want in de winter die volgde besloot de Franse opperbevelhebber hertog Frans-Hendrik van Luxemburg het nog eens te proberen door over ijs naar Holland te trekken. Deze keer moest Montfoort onderdak bieden aan tweeduizend man.

Pas in november bliezen ze de aftocht toen Willem III van Oranje ze uit het Sticht verdreef.

Toen in 1678 in Nijmegen de vrede met de Fransen werd ondertekend, restte in Montfoort van het eens zo imposante kasteel alleen de voorburcht met de dikke ronde toren. Het kasteel zelf was een ruïne met gescheurde en ingestorte muren. De grachten lagen vol puin. De burcht werd niet meer herbouwd; de stenen werden verkocht om elders te dienen.